Fakultas Agroindustri (FAi) didirikan berdasarkan pada SK Rektor Nomor: 06/SK/Rek/IV/2008 tanggal 5 April 2008 tentang pendirian Fakultas Agroindustri (FAi). Fakultas Agroindustri merupakan penggabungan dua fakultas yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Teknologi Pertanian. Kedua fakultas telah berdiri sejak 1 Oktober 1986 di bawah naungan Universitas Wangsa Manggala. Para pelopor pendirian Fakultas Pertanian dan Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Wangsa Manggala saat itu adalah Bapak Ir. Hendro Pawoko Sayid di FTP dan Bapak Ir. Sugiarto, MS dibantu oleh dosen-dosen dari Universitas Gadjah Mada hingga memperoleh status akreditasi disamakan.

Pada perkembangan selanjutnya, pada tanggal 5 April 2008, sesuai dengan Surat Keputusan Ketua Umum Yayasan Wangsamanggala Nomor: 02/SKEP/Ket/YWM/IV/2008 Universitas Wangsa Manggala beralih nama menjadi Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMB Yogyakarta). Peralihan nama ini selanjutnya dikuatkan dengan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 102/D/O/2008 tertanggal 12 Juni 2008. Bersamaan dengan peralihan nama universitas, dilakukan pula penggabungan 2 (dua) fakultas yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Teknologi Pertanian menjadi Fakultas Agroindustri (FAi) dengan tiga Program Studi Agroteknologi, Program Studi Peternakan, dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian. Penggabungan ini dilandaskan pada pertimbangan pentingnya pola pikir pertanian terpadu dalam setiap upaya pengembangan pertanian dan teknologi pengolahannya.  

Pada awal berdirinya, Fakultas Agroindustri UMBY merupakan satu-satunya fakultas yang menyelenggarakan 3 program studi dalam bidang pertanian dalam satu unit pengelolaan yaitu Program Studi Agroteknologi, Program Studi Peternakan, Program Studi Teknologi Hasil Pertanian. Berdasarkan hasil evaluasi kondisi internal dan eksternal pada tahun 2017 mulai dibuka Program Studi S-2 Ilmu Pangan yang diselenggarakan berdasarkan SK Pembukaan Program Studi no. 521/KPT/I/2017. UPPS/ FAi memiliki dosen yang telah bergelar doktor, dan sudah ada dua dosen yang mempunyai jabatan akademik guru besar sehingga sangat memadai untuk memberikan layanan pendidikan magister ilmu pangan bagi masyarakat khususnya tenaga profesional baik staf pemerintahan, guru SMK, dan industrI. Dalam perkembangannya, dari empat program studi yang dikelola FAi, terdapat tiga program studi S1 yang telah terakreditasi peringkat A oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) dan untuk Program Studi S2 Magister Ilmu Pangan memperoleh predikat akreditasi peringkat baik pada tahun 2021.